Masalah kesehatan juga menjadi program utama BAZNAS Kota Madiun. Dalam pelaksanaannya, BAZNAS Kota Madiun memberikan pelayanan kesehatan berupa : bantuan biaya pengobatan melalui Bantuan Penunjang Kesehatan Dhuafa (BPKD), dan Alat Bantu Kesehatan Difabel.
- BANTUAN PENUNJANG KESEHATAN DHUAFA (BPKD)
Untuk tahun 2018 tak kurang dari 24 orang dhuafa yang telah dibantu BAZNAS Kota Madiun melalui program BPKD (Bantuan Penunjang Kesehatan Dhuafa) berupa biaya transpotasi dhuafa yang sakit untuk dirujuk opname di rumah sakit, serta bantuan biaya berobat dengan jumlah dana sebesar Rp. 13.850.000,-.
- ALAT BANTU KESEHATAN DIFABEL
Adapun pada tahun 2018 ini BAZNAS Kota Madiun telah mentasyarufkan alat bantu kesehatan difabel berupa kaki palsu, tangan palsu, krek, kursi roda, alat bantu pendengaran kepada 8 orang penyandang difabel di Kota Madiun dengan jumlah dana sebesar Rp. 10.480.000,-.